Los ambientes acuáticos y terrestres del corredor de los siete lagos de la región patagónica, protegen numerosas especies de animales nativos. Algunas de ellas amenazadas por la modificación de los hábitats, la caza indiscriminada, la ganadería, la presencia de animales domésticos y las enfermedades que éstos propagan.
Por ejemplo, el pudú y el huemul, son dos ciervos que viven asociados a sitios específicos como cañaverales y matorrales con roquedales donde obtienen los recusos que necesitan para refugiarse y sobrevivir.
El monito de monte es le único sobreviviente de una familia de especies particular de los bosques patagónicos. Se trata de un pequeño marsupial emparentado con los canguros y los osos koala.
La paloma araucana estuvo al borde de la extensión al sufrir una enfermedad transmitida por aves de corral. Las poblaciones que están en la península de Quetrihué, Isla Victoria y Hua Hum, están recuperándose y expandiéndose hacia el norte.
En las cosas de lagos y lagunas internas de estos tres parques, habite el huillín, un lobito de río patagónico. La urbanización en los ambientes costeros, la cacería y los salmónidos son sus principales amenazas.
El gato huiña es e felino más amenazado de sudamérica, su tamaño es similar a un gato doméstico, caza principalmente a través de los árboles y necesita bosques con árboles grandes donde utiia sus ramas u oquedades para ver las cuevas.
Un pequeño roedor, el tuco tuco colonial, construye exclusivamente sus cuevas en las cercanías del Trafull y en el oeste del río Limay. Otro, el tuco tuco de maule, hace lo mismo pero en el Parque Nacional Lanín.