Durante 40 años los conquistadores españoles habían ocupado el territorio mapuche hasta Puerto Montt. Pero en el 1599, bajo el liderazgo del Cacique Pelantaro, fueron destruidas todas las ciudades que habían sido fundadas por españoles, de modo que debieron replegarse al norte del Bío Bío. Ciudades como Villarica o Valdivia, fueron abandonadas, y sus sobrevivientes, debieron escapar por el paso de Villarica hasta Buenos Aires.
Los intentos por conquistar el territorio no cedieron. Por ejemplo, la ciudad de Valdivia, evacuada tras la sublevación, fue ocupada nuevamente un año más tarde por el corsario Holandés Sebastián de Cordes. Cuatro décadas más tarde, en el 1643, Elias Erckmans intentaría instalar un enclave holandés en el Pacífico. El objetivo no pudo llevarse a cabo: debió abandonar las región no solo por la hostilidad mapuche sino también por la falta de víveres.
Si bien la inserrucción impuso una frontera natural por siglo y medio, la proximidad de los conquistadores fue causa de significativas transformaciones sociales entre los mapuche. Significó por ejemplo, que se impusiera entre ellos un régimen semiguerrero e incluso, paralelamente la institucionalización del malón y el pillaje. Desde el punto de vista agrario, la presencia española introdujo el trigo, la cebada y la manzana, fruto de la codiciada “chicha”. Los mapuche aprendieron también a manejar ganado vacuno, bovino y equino. La destreza ecuestre de los aborígenes les permitió desarrollar una infantería montada con dos jinets por caballo en el que uno conducía y el otro oficiaba de arquero. El caballo, por otra parte fue la herramienta a través de la cual extendieron su espacio al otro lado de los Andes.
La región de la Araucania (hoy, IX región chilena) fue recuperada por la Nación Chilena a través de la ocupación militar, recién en la segunda mitad del siglo XIX.